La Junta explica que está ejecutando tareas previas a la segunda fase, como la adecuación y limpieza del centro de transformación, o actuaciones en la capilla como la reposición de paramentos, cambio de luminarias e iluminación del retablo principal y los laterales. A esto se une el seguimiento arqueológico, demoliciones de revestimientos horizontales y verticales, eliminación de carpintería y cerrajería y desmontaje de las instalaciones obsoletas.
La segunda fase se centrará en el entorno del Patio Mudéjar. Entre las actuaciones estarán la sustitución de cubiertas, reforzar elementos estructurales, renovar las instalaciones y revestimientos y la adaptación al uso congresual. Además, se eliminarán barreras arquitectónicas con un ascensor y rampas. La Junta afirma que tendrá «especial atención con la protección y puesta en valor de los elementos de interés patrimonial», en concreto, la restauración interior de la capilla y sus retablos, el claustro del Patio Mudéjar, la continuidad del adarve con la nueva sala Beatriz Enríquez y el espacio contiguo a los restos de la muralla califal. La segunda fase conlleva la adaptación del Patio Italiano y la remodelación de la cafetería y la cocina, así como la mejora de la salida de emergencia de la sala Ambrosio de Morales a través de la renovación de la escalera existente.
