José Manuel Gallegos Rocafull era natural de Cádiz, pasó parte de su infancia en Marchena (Sevilla) y en Sevilla y Madrid realizó sus estudios, primero en el seminario (Licenciado en Teología), y luego también obtuvo la licenciatura en Filosofía en la Universidad de Madrid. En ambas disciplinas accedería años después al doctorado. En 1920 consiguió, mediante oposición, una plaza de canónigo en la Catedral de Córdoba. Tomó posesión en enero de 1921, y un año después optaba a la vacante de la canonjía lectoral, cargo que obtuvo por unanimidad del tribunal. Su labor en los años 20, por encargo del obispo Pérez Muñoz, se centró en su actividad como consiliario de la Casa Social Católica, vinculada a los sindicatos católicos. También fue el encargado de desarrollar la idea del obispo de construir las Casas Baratas, como remedio para el grave problema social de las familias pobres. De aquellos años consta también su primera experiencia en el mundo de la política en el inicio de la dictadura de Primo de Rivera, cuando en enero de 1924 se constituyó una gestora que sustituía a la depuesta Diputación provincial. Gallegos fue nombrado en representación del partido de Priego, si bien se trató de algo breve, pues la nueva corporación fue designada en abril de 1925. Otra experiencia política, poco fructífera pero sin duda intensa, fue su participación en la campaña electoral de junio de 1931, cuando concurrió en la candidatura de Acción Nacional por la provincia de Córdoba. Gallegos, con 15.769 votos, se quedó muy lejos del mínimo exigido para obtener el escaño.

En 1935 defendió su tesis doctoral en Filosofía ante un tribunal compuesto por José Ortega y Gasset, Severino Aznar, Juan Zaragüeta, Javier Zubiri y José Gaos, con el tema: El orden social según la doctrina de Santo Tomás de Aquino. Unos meses después, solicitaba licencia ante el cabildo de la catedral para trasladarse a Madrid con el fin de colaborar en la cátedra de Encíclicas Sociales de la Junta de Acción Católica, y porque iba a iniciar su actividad como profesor ayudante de clases prácticas de Filosofía en la Universidad de Madrid. Había finalizado su etapa cordobesa. En julio de 1936, cuando tuvo lugar el golpe de Estado, Gallegos se hallaba en Madrid. Su primera reacción fue mantenerse escondido, pero pronto intentó reanudar su labor sacerdotal, cosa que resultó harto difícil. Entró en contacto con el padre Leocadio Lobo y con el capellán Enrique Monter, y juntos decidieron dar a conocer su posición en un breve folleto titulado Palabras cristianas, con planteamientos muy diferentes a los de buena parte de la jerarquía eclesiástica. Poco después, el ministro Álvarez del Vayo, les pidió, a él y a Lobo, que acudieran a Bruselas para asistir a un congreso de católicos antifascistas, en un país donde el embajador era otro católico, Ángel Ossorio. El congreso se suspendió, pero fueron invitados a pronunciar unas conferencias en la Casa de España.

La información sobre aquella intervención en Bruselas llegó hasta el cardenal Isidro Gomá, quien la transmitió al obispo de Córdoba, y unos meses después le dirigía otra misiva en la que le sugería que «es hora de irle a la mano al Sr. Gallegos desautorizándole por los medios que a usted se le sugieran», y le pedía que tomara cartas en el asunto. Mientras tanto, ya a comienzos de 1937, Gallegos se había trasladado a París, donde recibiría una carta del obispo auxiliar de dicha capital con el ruego de que acudiera a verlo. Fue la persona encargada de hacerle llegar las indicaciones del obispo de Córdoba por las que se le retiraban las licencias ministeriales y se le comunicaba la suspensión. Gomá hizo saber al representante de los sublevados en el Vaticano que el obispo de Córdoba «ya tiene a ese desgraciado suspendido a divinis para que sepa a qué atenerse». Desde Francia, Gallegos optó por mantener una posición activa de colaboración con el gobierno republicano. Aceptó formar parte de los Archivos Españoles, dependiente de la embajada, donde se constituyó una oficina dedicada a la cuestión religiosa, que lo tuvo a él como responsable y de su mano salieron varios folletos y libros sobre el aspecto religioso de la guerra, entre los cuales destacaría el titulado La Religion dans l’Espagne de Franco. Pero sobre todo será protagonista de una respuesta contundente a la Carta colectiva del episcopado español de 1937, promovida por Gomá a sugerencia de Franco. Publicado por Ediciones Españolas verá la luz el folleto firmado por él con un título bien significativo: La Carta colectiva de los obispos facciosos. Réplica, y de la cual aparecerían además una edición en francés y otra en inglés. En ella se rebatían los argumentos presentados por los obispos, al tiempo que se criticaba su actitud ante el conflicto y su toma de posición a favor de los sublevados. A la altura de 1939, se dirigió al obispo de Córdoba por carta y le preguntaba si no terminaría nunca su suspensión, pero no obtuvo respuesta sino del vicario, quien le indicó que la suspensión era perpetua dada la actividad que había desarrollado «de palabra, por escrito y de obra a favor y en defensa de la revolución roja marxista condenada por el Papa y el episcopado español».

Su última actividad en Francia la realizó en el Centro Cervantes de París, donde se constituyó la Junta de Cultura Española y en cuya junta directiva se integraría. En su condición de miembro de la citada Junta, junto a Eugenio Imaz, saldrá hacia el exilio con destino a México, país al que llegará en autobús desde Nueva York. Para Gallegos, no poder ejercer sus labores sacerdotales ya era una forma de exilio, aunque de este saldría en 1950, cuando se le permitió ejercer en México DF, si bien se da la circunstancia de que el hecho coincide con el momento en que presentó su renuncia como canónigo lectoral de Córdoba. Desarrolló su actividad en la parroquia de la Coronación BMV de Guadalupe, donde sus homilías fueron seguidas con entusiasmo, tal y como en una ocasión lo describió Altolaguirre (editor de uno de sus libros en México): «El templo estaba lleno de gente y él estaba predicando la caridad como medio de alcanzar la dicha de ver algún día a Dios cara a cara. Me sentí como convertido a la religión». En cuanto a su condición de exiliado político, la vivió como otros muchos y desde luego de una manera fructífera desde el punto de vista intelectual. A través de la Junta de Cultura, trabajará en la editorial Séneca, donde se publicarán algunas de sus obras, y donde será el editor de unas Obras Completas de San Juan de la Cruz. Colaboró en revistas como España peregrina, El Hijo Pródigo, Las Españas y Letras de México, además de participar en actividades de difusión cultural junto a otros exiliados, como un homenaje a Machado o en un ciclo de conferencias en la Casa de Andalucía, donde pronunció la titulada «Andalucía desde el destierro», llena de referencias a Córdoba. Asimismo, colaboró en la prensa mexicana, en especial en el diario Novedades, o en publicaciones como el Boletín de la Facultad de Filosofía y Letras de la UNAM. También desarrolló una importante labor docente, tanto en la Universidad Iberoamericana como en la UNAM, al tiempo que publicó una importante obra en diferentes ámbitos: el filosófico, el teológico y el de la filosofía de la historia.

Entre la veintena de libros que publicó, cabe citar: La experiencia de Dios en los místicos españoles; La doctrina política del P. Francisco Suárez y una de especial consideración hoy día en México: El pensamiento mexicano en los siglos XVI y XVII. Murió el 12 de junio de 1963 cuando se hallaba en la Universidad de Guadalajara impartiendo una conferencia sobre filosofía medieval.

Dos días después, en presencia de autoridades académicas y religiosas, sus restos fueron inhumados en el Panteón Español de México DF.