CRUE Universidades Españolas afirma que la partición del anterior Ministerio de Ciencias, Innovación y Universidades en dos es «una mala noticia» porque implica alejar el conocimiento de la centralidad política que se está imponiendo en Europa. En este sentido, la estructura del Comisariado europeo, con una Comisaria competente en todos esos ámbitos, marca la tendencia a seguir a los países miembros de la Unión que, en su inmensa mayoría, mantienen tal unidad en un único Ministerio.

Para la CRUE, se debería haber constituido un solo ministerio que, de la mano de su titular, «debería tener el mayor peso político posible, y reunir todas las competencias y recursos necesarios para gestionar el sistema de ciencia en su globalidad», incluida la investigación que se realiza en las universidades. «Lo cual es condición necesaria para que sus propuestas tengan la atención y viabilidad que la ciencia requiere», considera. Así, entiende que la competitividad de la ciencia de España «solo podrá recuperar su línea ascendente (tan maltrecha actualmente) si puede articular e impulsar la inmensa mayoría del conocimiento que este país ha demostrado ser capaz de generar. Que deberá incluir, por supuesto, la Universidad, ya que educación superior, investigación e innovación son indivisibles».H