La negociación ha sido harto difícil en todos sus extremos, pero los atranques más graves se dieron en dos asuntos: el patrimonio con el que se dotará a la fundación que creará el Cabildo Catedral para gestionar parte de la obra social y la autonomía de la dirección general adjunta que se cree en la subsede de Córdoba. En el primer caso, Cajasur planteaba a Unicaja que quería la titularidad, es decir, la propiedad a todos los efectos, de varios inmuebles: sede principal de Cajasur en Ronda de los Tejares, edificio del Santo Angel, convento del Corpus (sede de la Fundación Gala) y Oficina Agraria. Unicaja se resistía a que esos edificios dejaran de contabilizar en el balance como recursos propios, y proponía mantener la titularidad y ceder la gestión. Al final parece que se ha optado por que la futura Unicajasur contabilizará en su balance como recurso propio el edificio de Tejares, el de más valor económico, y la futura fundación será propietaria de los tres restantes.
En cuanto al área territorial, que asumirá la dirección de Córdoba, Sevilla, Huelva y Extremadura, Cajasur quería que el director general adjunto tuviera capacidad de designación de todo su staff directivo, mientras Unicaja se resistía a que hubiera dos equipos que pudieran representar una gestión disonante, algo así como una caja dentro de otra caja, y exigía cohesión interna. Finalmente, el director general propondrá los cargos que nombrará el consejo de administración.
