El Pleno del Ayuntamiento de Baena aprobó en su última sesión una modificación del contrato de las obras del Castillo, dentro de la segunda fase, que se lleva a cabo desde diciembre del 2011. El teniente de alcalde de Urbanismo, José Andés García, explica que durante los inicios de las obras de restauración del Castillo de Baena se han encontrado diferentes restos arqueológicos en el entorno de los depósitos, así como en la torre noreste, donde han aparecido restos árabes, lo que ha hecho necesaria una modificación del proyecto para acometer nuevas cimentaciones y partidas de obra.

En el modificado se especifican las causas que justifican este complemento, y explican que con motivo de la excavación arqueológica, en el perímetro de los depósitos y sectores de conexión de los mismos se ha constatado que el sistema de cimentación previsto en el proyecto original afectaba negativamente a los pavimentos y estructuras históricas del castillo, "por lo que resulta necesario proceder a la modificación del sistema estructural propuesto para la cubrición de los depósitos de forma que éste no afecte a la protección del patrimonio cultural".

Por otra parte, en la excavación realizada en las bases de las torres donde se van a llevar a cabo las restituciones de volúmenes se ha identificado que la geometría que define el arranque de las mismas no coincide con la reflejada en el proyecto original, ya que en el momento de su redacción estas estructuras se encontraban enterradas. Será necesario, por tanto, modificar la geometría y sistemas de apoyo sobre las estructuras históricas de los volúmenes de torres y lienzos añadidos con el objetivo de garantizar la correcta conservación y puesta en valor de los restos arqueológicos. Así, la torre noreste y la de los cascabeles tendrán un incremento de 40 centímetros de altura, definido por el cambio de cota.

Por último, resulta necesaria también la consolidación y restauración de los nuevos pavimentos y estructuras históricas aparecidos. Asimismo, y debido al tiempo transcurrido desde la redacción del proyecto, se ha constatado el empeoramiento de determinados parámetros de fábricas históricas del resto de estructuras, por lo que se incluye su limpieza y consolidación.

La fortaleza se somete desde hace un año a la fase de reconstrucción de volúmenes de la totalidad del Castillo, incluidas todas las torres, con un presupuesto inicial de 1,9 millones de euros, que se financia con el 1% cultural aportado por Fomento, siendo el 25% del coste a cargo del Ayuntamiento. La reconstrucción que se lleva a cabo lo sitúa en la época medieval, entre su época de castillo y de palacio.