Las obras de restauración del Castillo de Baena se iniciaron en diciembre del 2009 por la empresa Estudio Métodos de la Restauración. La intervención en el recinto amurallado se hace en base al proyecto técnico del arquitecto malagueño José Manuel López Osorio.
La primera fase consistió en labores de limpieza y conservación de las estructuras y elementos existentes. Esta primera fase, además, mostró parte de su pasado. Al hacer una limpieza superficial en la torre noreste se dejó al descubierto una torre de primigenia interior más pequeña almohade. En la parte superior del lienzo norte se descubrió un pavimento de canto rodado, una zona de tránsito, de la época de palacio. También se ha documentado la existencia de un silo. En la primera fase se restauró la torre de los Secretos.
Este ambicioso proyecto comenzó hace siete años con las excavaciones para liberar los restos que permanecían enterrados, como los antiguos depósitos.
