Uno de los mayores problemas que afectan a las encinas es la sequía. La encina tiene una alta adaptabilidad y resistencia de forma natural a las inclemencias climatológicas de un entorno seco y con altas temperaturas. Sin embargo, la sequía es una de las principales causas de mortalidad, siendo «el estrés por sequía» un importante factor que, además, contribuye al denominado síndrome de la seca.

Este es un síndrome multifactorial, que provoca su decaimiento y muerte, en el que se suma una combinación de estrés por sequía, altas temperaturas y el ataque de patógenos de suelo, situación que tenderá a agravarse en un escenario de cambio climático. Sin embargo, no todas las encinas se ven igual de afectadas, algunas muestran una mayor resistencia o tolerancia frente a estos estreses y se les denomina individuos «élite», siendo los más interesantes para su estudio. El grupo de investigación AGR-164 «Bioquímica, Proteómica y Biología de Sistemas Vegetal y Agroforestal» de la UCO ha hecho un estudio que permitirá identificar los árboles con más posibilidades de sobrevivir ante las circunstancias más adversas.

Este estudio se ha centrado en la investigación de esta especie de la que se conoce muy poco a nivel molecular, a pesar de que según subraya la investigadora María Ángeles Castillejo, «la encina es la especie más importante y representativa del ecosistema forestal andaluz, la dehesa, y del bosque mediterráneo». El estudio molecular de los individuos que muestran alta tolerancia a la sequía tiene un gran potencial. Así, el objetivo del trabajo ha sido identificar árboles más tolerantes a la sequía a partir del estudio de sus proteínas «proteoma», para determinar aquellas proteínas que puedan estar implicadas en dicha tolerancia y se ha propuesto una lista de posibles marcadores que servirán a los mejoradores para incluirlos en sus programas de selección de individuos y de reforestación de zonas afectadas por sequía.