La ermita de la Puerta del Colodro se erige en el lugar en que según la tradición habían vivido junto a su ama los santos mártires Acisclo y Victoria patronos de la ciudad. No se puede determinar la fecha exacta de la fundación. Ramírez de Arellano la sitúa con anterioridad a la presencia musulmana. Este primer edificio quedó totalmente destruido. Tiempo después el terreno pasa a Jerónimo Godino, quien en 1516 lo cede a la cofradía de los Santos Mártires. Bien entrado el siglo XVII lo reconstruye y le da el aspecto que hoy conocemos. La iglesia es de una sola nave con dos tramos cubiertos con bóveda y cabecera plana cubierta con bóveda elíptica sobre pechinas. Estas están decoradas con motivos ornamentales a base de hojarasca, acogiendo en el centro unos óvalos donde se efigian a cuatro mártires cordobeses: Zoilo, Marcial, Januario y Fausto.

En el retablo de madera tallada y dorada, aparecen representados los santos patronos de la ciudad en dos hermosos lienzos del pintor Cristóbal Vela Cobo, pintados en 1645 para el retablo mayor de la Catedral de Córdoba, siendo sustituidos en el siglo XVIII por los actuales de Acisclo Antonio Palomino. Por aquellas calendas se estaba remozando la iglesia del Colodro por lo que se decide trasladar al retablo de la misma los desechados lienzos pintados por Vela Cobo para la Catedral. Entre ambos se encuentra el manifestador donde permanentemente está expuesto el Santísimo.

Hacia 1959 el recinto es ocupado por la congregación de religiosas Esclavas del Santísimo Sacramento y de la Inmaculada. Por ello, la iglesia como las dependencias conventuales reciben una profunda restauración bajo proyecto del arquitecto diocesano Carlos Sáenz de Santamaría. Fruto de la llegada de las monjas al convento del Colodro es la Inmaculada que corona el coqueto retablo. Esta responde a una particular iconografía vinculada con la fundadora, la madre María del Rosario del Espíritu Santo Lucas Burgos, en honor a la cual las comunidad está preparando para el mes de febrero el jubileo del centenario de su nacimiento.