El informe de la comisión de expertos de la Mezquita va más allá de la anulación de la inmatriculación del bien y propone otras actuaciones en relación con el edificio. Para empezar, alude a su gestión y considera que «es poco asumible que un bien que es Patrimonio de la Humanidad se gestione en pleno siglo XXI conforme a modelos del siglo XIX». Considera que el modelo de gestión podría responder al sistema de patronato, incorporando a las distintas administraciones y también a los técnicos que deben velar por la gestión integral del monumento, su promoción, conservación o investigación. Según la comisión, el liderazgo de tal patronato debería corresponder a la Junta de Andalucía.
También plantea la creación de un museo de la Mezquita en un edificio próximo de propiedad estatal para «contribuir a asegurar la conservación y difusión del monumento y los trabajos que en él se desarrollan». Aboga por mejorar la compresión del edificio de cara al turismo y proporcionar una serie de servicios en algún edificio próximo. «Salvo que se encuentre una opción mejor», la comisión plantea que tales servicios se ofrezcan en el Centro de Recepción de Visitantes de la Puerta del Puente. Por último, el informe recoge la necesidad de elaborar un mapa de riesgos que afectan al edificio y «articular medidas correctoras», así como compaginar la protección del monumento y su accesibilidad.
