Los fondos del museo se articulan en dos secciones: una de arqueología y otra de etnología. La primera muestra en sus salas vestigios materiales que, remontándose desde el Paleolítico, llegan hasta la época hispano-musulmana. En este apartado destaca la llamada «Leona de Santaella», la pieza más emblemática del museo, perteneciente al período prerromano. En la sección etnográfica se recoge una muestra de útiles del pasado más reciente de Santaella.