El proyecto de la Junta que transformó el eje monumental subrayó las deficiencias del río a su paso por la zona más visitada de la ciudad. Tras un largo debate entre administraciones por las competencias en la materia, y después del incendio del Puente de El Arenal, el Ayuntamiento de Córdoba, liderado entonces por el PP, anunció la firma de un acuerdo con la CHG para limpiar el río y aliviarlo de vegetación. Aquel convenio no se firmó pero la CHG se comprometió a intervenir en el espacio de 2 kilómetros comprendido entre el Puente Romano y el paso elevado de la autovía con una inversión de 1,8 millones y un plazo de cuatro meses.

Los trabajos, recordados ayer por Antonio Sanz durante su visita a Córdoba, consistieron en el desbroce, poda y corta para el clareo selectivo de especies arbóreas, la limpieza de las pilas de las estructuras que atraviesan el río y la retirada de residuos sólidos urbanos. El proyecto incluía también la limpieza de los puentes de Miraflores y de El Arenal, así como las reparaciones urgentes necesarias en este último.

Los trabajos comenzaron el 19 de septiembre del 2013 y se prolongaron hasta final de año, concluyendo antes de tiempo. Las máquinas empezaron por El Arenal, de donde retiraron lodo y basura. En total, se sacaron 8 toneladas de residuos sólidos urbanos y 150.000 toneladas de sedimentos. Tras esa intervención el tramo de la Ribera quedó despejado de vegetación, al igual que el Molino de Martos y tres embarcaderos. Además, a raíz de aquellas tareas, se abrió un camino peatonal desde el embarcadero hasta el Puente Romano y se ejecutó un canal para llevar agua limpia al Molino de Martos.

Paralelamente, la Junta intervino en los Sotos de la Albolafia, con un proyecto de restauración que inició en abril del 2012 entre los puentes Romano y de San Rafael. Las tareas consistían en preservar la vegetación y la avifauna eliminando especies exóticas arbóreas y arbustivas. El proyecto estaba presupuestado en 299.817 euros y tenía como fecha prevista de finalización 2014, pero la Junta solicitó una prórroga hasta octubre del 2015. El proyecto contemplaba también intervenir en la vegetación que rodea la noria de la Albolafia y los molinos de En Medio, Téllez y Pápalo Tierno, prácticamente invisibles sobre la lámina del río.