Otra de las misiones de la Filmoteca de Andalucía es la de la investigación y la conservación de material fílmico. En este sentido, la entidad mantiene estrechos lazos de colaboración con la Universidad de Córdoba. El más visible es el Máster en Cinematografía en el que participan una treintena de alumnos y que siempre suele tener lista de espera.
