Las visitas se pueden hacer los viernes, sábados y domingos previa reserva en la Oficina de Turismo. Una vez allí, cada visitante dispone antes de entrar de un casco con luz frontal para aumentar la visibilidad ya que la cueva cuenta con iluminación interior. A partir de ese momento, comienza la aventura, podemos adentrarnos en un tesoro que hasta su reciente apertura, a principios de 2015, sólo era apto para espeleólogos y curiosos sin claustrofobia, ya que la boca de entrada continuaba por un tubo inicial y había que tener el equipo y los conocimientos necesarios. Ahora, la apertura dispone de una doble puerta hermética, dispuestas de tal forma que en ningún momento puedan estar las dos abiertas para evitar corrientes de aire que puedan provocar cambios en la temperatura y humedad. La cavidad mantiene una temperatura estable durante todo el año, unos 21 grados, lo que hace que la sensación térmica sea agradable tanto en verano como en invierno.

La visita dura unos 50 minutos y se hace en grupos reducidos, de unas diez personas, y el recorrido es de unos 150 metros, un cinco por ciento del espacio total que ocupa la formación. En la primera sala, la de las Raíces, se podrán observar algunos protoconductos iniciales de formación de la cavidad. Continuamos en la Sala de los Niveles, la Galería de la V, la Sala de Cristal, los techos de los Coraloides, la Galería de los Microcristales, se desciende para conectar con las galerías de los pendants, desde donde se nos queda a la izquierda del recorrido el lago de los Sumideros. Continuando por la galería, unos metros más adelante podemos observar una gran cantidad de galerías existentes donde se estructura la cavidad como un sistema laberíntico. Después de un tramo de unos 40 metros, se accede a la sala del Hundimiento, donde se aprecian magníficas formas de macrocristales de yeso por paredes y techos.

Como cuarta cueva de mayor desarrollo horizontal de España y la primera a nivel provincial, la Cueva del Yeso de Baena es la única cavidad de génesis hídrica existente en el valle del Guadalquivir. Fue la quinta cueva del mundo de este material en abrir a visitantes. Mantiene un doble uso, la visita turística y para espeleólogos, ya que como consecuencia de su formación hipogénica, de abajo hacia arriba, la parte superior ofrece laberintos, pozos y fracturas que requieren de un equipo especializado para poder explorarla.

Otra de sus singularidades es que está inventariada en el de refugios de quirópteros troglófilos de Andalucía. Se considera esta cueva como uno de los refugios de murciélagos más importantes de Andalucía.

Esta es la razón por la que la autorización de Medio Ambiente tiene condiciones, como que la apertura al público únicamente podrá realizarse entre los meses de noviembre a febrero, ambos inclusive, solo en la sala y recorrido presentado en el proyecto. De hecho, se sitúa a unos 40 metros de la anterior, de forma que quedan dos galerías superpuestas y la cavidad original queda de entrada y salida de la colonia de murciélagos.

José Antonio Mora, presidente de la sociedad de espeleología GAEA Baena, afirma que la cueva del Yeso se trata de un «laboratorio de ciencias de la tierra» por albergar las tres últimas eras geológicas. Está constituida por materiales evaporíticos como arcillas y margas rojizas, con niveles de yeso sobre los que se disponen niveles de calizas. Pero no sólo es genuina por variedades geológicas que pueden verse en su interior, sino que también cuenta con una fauna que podría convertirla en única en el mundo. Se trata de un tipo de gamba, Pseudoniphaargus, a la que se une un pseudoescorpion y varios arácnidos.

La Cueva del Yeso se encuentra a ocho kilómetros de Baena, en su término municipal, concretamente en el paraje del Puente de la Maturra y está comunicada por la carretera A-3125 que transcurre entre Baena y Cañete de las Torres.

Hablar de la Cueva del Yeso es hacerlo de una formación con materiales del Triásico, con 220 millones de años de antigüedad. Su formación responde a la confluencia de dos cursos de agua, el río Guadajoz y el arroyo Salado.

La historia de la Cueva del Yeso de Baena se remonta a los primeros intentos por parte de personas que a nivel individual empiezan a mostrar un cierto interés por el conocimiento que encierra este extenso mundo dentro de la provincia.

Aunque las primeras crónicas espeleológicas en el sur de la provincia se remontan al siglo segundo de nuestra era, no es hasta el siglo XX cuando se empieza a tener noticias que se puedan contrastar sobre esta cueva.

El primer relato proviene de la tradición oral, entre los ciudadanos más viejos, pues la cavidad era conocida como la «Mina» por su morfología predominantemente circular. Entre estos existía la creencia de que la cueva era obra de moros y estaba conectada con las torres árabes existentes en la comarca, la de Torreparedones y la Torre del Montecillo. La primera referencia escrita sobre la cavidad se remonta al año 1945, en el que Antonio Carbonell Trillo-Figueroa publica un artículo en el Boletín número 53 de la Real Academia de Ciencias Bellas Letras y Nobles Arte de Córdoba, con el título de Espeleología Cordobesa.

Antonio Carbonell cita la cueva en su artículo como cueva de las «palomas», segundo nombre que recibe esta cavidad, seguramente tomado de su entorno más próximo conocido como salinas de Cuesta Paloma. La primera exploración constatada con técnicas puramente espeleológicas se desarrolla en 1965, por un grupo de amigos compuesto por Javier Fortea, Emilio Retamosa, José Delgado, Juan Bruñere, Juan Bernier y Rafael León.

Durante los últimos años, gracias al incansable trabajo de espeleólogos como José Antonio Mora, se ha ido conociendo este tesoro del que aún queda mucho por descubrir.