La sierra de Rute también rompe con otro tópico muy extendido. Cuando se habla de pinares de repoblación, enseguida se les define como lugares de escaso valor ecológico, ecosistemas que acogen una menor diversidad biológica. Nada más lejos de la realidad. Debajo de los pinos carrascos crece un variado matorral de jara blanca, matagallo, aulaga, retama y romero, entre otras especies; y en primavera, especialmente en la vertiente norte, el monte se adorna con las bellas flores de las peonías. Aunque no representan los bosques autóctonos originales, sí que albergan una nutrida avifauna representativa de bosques de coníferas, en los que se dan cita el trepador azul, el piquituerto, el pinzón real, el gavilán o el águila culebrera.

Sin olvidar el estremecedor reclamo nocturno del cárabo que resuena cuando las tinieblas invaden estos pinares. En esta sierra se encuentra un importante número de endemismos florales, en especial a partir de los 1.000 metros de altitud, donde el matorral mediterráneo y los encinares dan paso al matorral espinoso almohadillado de montaña. Por esta razón, las zonas más altas de la Sierra de Rute representan uno de los enclaves de mayor interés florístico del Parque Natural, con especies botánicas tan interesantes como la flor de Rute (Hypochaeris rutea). Además, podemos encontrar aves adaptadas a estos ambientes, como el roquero solitario (Monticola solitarius), la chova piquirroja o el avión roquero. Águilas reales y perdiceras, buitres leonados, halcones peregrinos y cernícalos sobrevuelan sus cumbres con relativa frecuencia, y es también uno de los pocos lugares donde se puede ver la cabra montés en la provincia de Córdoba.