Una de las frases que generó mayor controversia del auto del Tribunal Supremo que frenaba la exhumación fue la que recalca la «significación de don Francisco Franco» y le define como «jefe del Estado desde el 1 de octubre de 1936 hasta su fallecimiento el 20 de noviembre de 1975». Primero, porque el escrito no se refiere a Franco como dictador. Y segundo, por la fecha en la que sitúa el inicio de su jefatura de Estado, prescindiendo del periodo del Gobierno de la República, que era el legítimo hasta el final de la guerra civil.

El 28 de septiembre de 1936 Franco fue nombrado «jefe del Gobierno del Estado» en una reunión de los altos mandos militares del Ejército sublevado, y así figuró en el decreto de la Junta de Defensa Nacional publicado el día 30. El 1 de octubre, Franco fue investido en Burgos con «todos los poderes del nuevo Estado», y esa es la fecha que aparece en todos los documentos oficiales como inicio de la jefatura de Estado de Franco.

El líder de Podemos, Pablo Iglesias, tachó de «barbaridad» esta alusión del TS y sugirió: «Quizá la cercanía de uno de los jueces a la Fundación Franco, en algunos de cuyos actos ha participado, explique esto».