Tras toda su infancia y juventud subiendo peldaños en la cantera blanquiverde, Javi Flores debutó con el primer equipo del Córdoba en la temporada 2005/06, con solo 19 años y, como él mismo reconoció en otra entrevista con este periódico, «llegué al equipo un poco para rellenar la plantilla y me gané el sitio, la confianza de Quique Hernández, y terminé jugando». Luego llegó el año del ascenso a Segunda, en el curso 2006/07 y con Pepe Escalante en el banquillo. «Con Escalante fue un año bastante bueno y en Sevilla tuve una microrrotura. La única lesión muscular que he tenido en seis años. La enganché con el problema del quinto metatarsiano», explicaba Javi Flores.

Ahí comenzó su calvario con las lesiones. Además del perenne problema con el metatarsiano, se fracturó el peroné y tuvo problemas en la hernia y el pubis. Las dolencias físicas le llevaron a jugar muy poco en el Elche en su primera etapa. En el club ilicitano tuvo una grave lesión en la pretemporada de la 2012/13.

Pero mucho antes de eso, Javi Flores fue prácticamente la única visible permanente del Córdoba durante cuatro años en Segunda, del 2007 al 2011, en los que promedió casi 23 partidos por curso. Su entrega era innegable, aunque la afición pagó con él parte de su frustración por el devenir tortuoso del conjunto blanquiverde en aquella etapa en la división de plata. Javi Flores nunca podrá olvidar aquel partido en octubre del 2010 ante el Villarreal B, en el que parte de la grada de El Arcángel le silbó con contundencia. «Lo digo con toda sinceridad, me ha parecido miserable, porque desde los primeros minutos han ido a por él», dijo al término del partido el por entonces presidente del club, José Miguel Salinas. Un partido que acabó como capitán, pese al abucheo. Un brazalete que es de esperar que vuelva a lucir ahora.