A pesar de su semblante serio, Juan Pérez Marín se describe a sí mismo como un hombre "muy afectivo", a la vez que habla del corazón, su especialidad médica, como el órgano más cercano a los sentimientos. Y aunque asegura estar "satisfecho con lo hecho", lamenta que la propensión a resolver problemas ajenos en la que ha basado su ocupación y su devoción le haya creado cierto vacío vital en las relaciones familiares. "He dejado plantada cientos de veces a mi mujer, criando sola a nuestros cuatro hijos". Su fuerte personalidad, que alguna vez ha sido vista como populismo por sus detractores, hizo que los partidos se fijaran en él llegada la Transición. Pero la única política que le interesaba, dice, fue la que hizo en las instituciones europeas luchando por la dignidad del deficiente mental.
