La Iglesia Católica y otras confesiones, la Universidad, Cruz Roja, fundaciones, monumentos privados y los edificios propiedad del Ayuntamiento, la Junta de Andalucía, la Diputación y el Estado están exentos de pagar el Impuesto de Bienes Inmuebles (IBI), un impuesto que cobran los ayuntamientos, pero que está determinado por leyes estatales. En Córdoba, según un informe hecho público por Andalucía Laica, las arcas municipales dejan de percibir anualmente en torno a 4,5 millones de euros. Un informe basado, según indica, en datos facilitados por el Ayuntamiento.

El listado de exenciones publicado señala a la Iglesia, propietaria de 443 inmuebles exentos de IBI, entre ellos, «bajos comerciales, pisos, garajes, aparcamientos, naves y negocios de hostelería», como la principal beneficiaria de esta medida, hasta un total de 1,3 millones de euros, de los cuales 51.000 euros corresponderían a la exención de la Mezquita de Córdoba. A la Mezquita se unen otros edificios de uso religioso como parroquias, ermitas o colegios católicos, casas de hermandad, la Universidad Loyola o el hospital San Juan de Dios, exento del pago de 106.000 euros. Andalucía Laica critica que «un hospital privado católico esté exento del pago del IBI cuando los públicos no lo están». Al respecto, la concejala de Hacienda, Alba Doblas, que no pudo confirmar los datos aportados en el estudio, señala que «la exención de los hospitales propiedad de la Iglesia se establece por ley» y que «no se trata de eximir también a los públicos (algo que según la ley queda a criterio de los ayuntamientos) sino de que pague la Iglesia un impuesto imprescindible en las arcas municipales». El hospital de Cruz Roja también está exento del pago del impuesto. Al respecto de la Mezquita, Alba Doblas señala que «no se puede reclamar el IBI a la Iglesia porque nosotros no reconocemos que sea de su propiedad» y, de hacerlo, les llevaría a incurrir en una contradicción. En cuanto a los bienes inmuebles de uso no religioso, educativo o sanitario, Doblas indica que el Ayuntamiento, «con la plantilla de técnicos que tiene a su disposición», apostilla, «está realizando inspecciones para detectar posibles usos comerciales camuflados». El resto de confesiones religiosas tienen 4 inmuebles de evangelistas y testigos de Jehová exentos de IBI (7.534 euros). La Universidad es la segunda entidad con un mayor ahorro en IBI, de algo más del millón de euros, aplicable a facultades e instalaciones universitarias.

El informe destaca además que junto a organizaciones sociales y culturales estén exentos «un restaurante de la Federación de Peñas, una residencia de Vitalia o las instalaciones del Parque Joyero con más de 122.000 euros de exención», entidades con «difícil justificación».

El Ayuntamiento de Córdoba ingresa anualmente por IBI en torno a 80 millones de euros, y el 2018 será el tercer año consecutivo en que el impuesto permanece congelado.