Hay equipos que se le han dado incluso peor, pero a Francisco, tradicionalmente, se le ha atragantado el Córdoba. Como entrenador se ha enfrentado en cuatro ocasiones, logrando un solo triunfo, llegado en esta última temporada, precisamente, en la derrota del Córdoba en el Anxo Carro (2-0). Como jugador aún le fue peor, ya que de 12 enfrentamientos con los blanquiverdes tan sólo consiguió cantar victoria en dos ocasiones. En esa docena de partidos defendía hasta cuatro camisetas diferentes: la del Poli Almería, la del Almería, la del Granada 74 y, la última, la del Alicante. Y sólo consiguió cantar victoria en esas dos ocasiones. La primera, en la segunda eliminatoria de Copa de la temporada 2002/03, cuando el Almería necesitó la prórroga para derrotar al Córdoba por 3-2. La otra, es decir, la última, fue en El Arcángel, su único triunfo como jugador o entrenador en el coliseo ribereño.
Fue el 4 de octubre del 2003 y Francisco, que fue titular bajo las órdenes de Casuco, anotó el tanto del triunfo en el minuto 61. Francisco tenía en aquel Almería como compañeros a los exblanquiverdes Esteban Navarro y Juanlu. Fue la temporada de la salvación agónica del Córdoba en Leganés, una campaña en la que el Almería tampoco estaba para tirar cohetes, ya que sumó un punto más que los blanquiverdes. Aún le quedaban unos años para la retirada al que hoy es entrenador del Córdoba, aunque su adiós al fútbol fue prematuro. Tras ese año final en el Alicante (2008/09), en enero de 2010, tras estar seis meses sin equipo y entrenando con el filial del Almería, fichó por el Orihuela de Segunda División B para retirarse a final de dicha campaña. En la 2010/11 entrenó a uno de los cadetes del Almería y fue segundo técnico del filial rojiblanco. En la 2011/12 tomó los mandos del segundo equipo almeriense y en la campaña siguiente se quedó a un solo gol de jugar las eliminatorias de ascenso a Segunda. Le superó, curiosamente, el Lucena.
Pero a partir de ahí todo cambiaría y su llegada a la élite fue cuestión de muy poco tiempo. Ahora llegará para ponerse en la banda, en el banquillo local de El Arcángel, en donde solo pudo celebrar una victoria. Pero eso sí, con un gol suyo.
