Dani González corre hacia la grada visitante del estadio El Alcoraz, donde miles de cordobesistas estallan de alegría tras su gol, al borde del descanso, que dejaba encarrilado el ascenso a Segunda. Era el 24 de junio del 2007. Javi Flores esperó en el banquillo hasta el minuto 77, aunque el empate a uno logrado por Dani fue definitivo en el luminoso. El Córdoba era de Segunda. La alegría de los hinchas desplazados a Huesca fue solo el anticipo de unas Tendillas desbordadas por el regreso del equipo blanquiverde a la división de plata tras dos años en Segunda B. Javi Flores fue titular en la ida de esa última eliminatoria de ascenso, en la que el Córdoba venció por 2-0 con goles de Pierini y Guzmán. El nuevo fichaje blanquiverde tenía solo 20 años.

Fue el primero de los tres ascensos que tiene Javi Flores en su currículum y que se añaden a su enorme ligazón sentimental con el club de su tierra. En el 2013, tras pasar antes por el Getafe B, recaló en el Elche. Las lesiones apenas le dejaron jugar tres partidos, aunque en su haber queda el ascenso a Primera y su única experiencia en la máxima categoría de la mano de los ilicitanos.

No pudo dar todo el fútbol que tiene en sus botas en su primera etapa en el Elche, por lo que cuando regresó al equipo franjiverde en la 2017/18 tenía una espina clavada que pudo sacarse con ni más ni menos que con su tercer ascenso. Jugó un total de 26 partidos en Segunda B y fue titular en los dos partidos de la eliminatoria final de ascenso ante el Villarreal B, rival que ocho años antes provocó aquella pitada de El Arcángel. Eliminar al filial del submarino amarillo fue una revancha particular.

Tras una temporada en Segunda con el Elche, al que ayudó a mantener en la división de plata jugando 37 partidos, Javi Flores vuelve al Córdoba con el objetivo de sellar su cuarto ascenso, el tercero a Segunda.