Los investigadores de la UCO pertenecen a 211 grupos de investigación, muchos de ellos de relevancia internacional, en nueve áreas de producción científica.

Tradicionalmente, la actividad investigadora de la UCO se relacionaba con la agroalimentación (no en vano la UCO coordina el Campus de Excelencia Internacional Agroalimentario CeiA3) y la veterinaria. No obstante, como constatan diferentes rankings, también destaca en otras disciplinas como química, biología/biomedicina, recursos hídricos, medio ambiente o computación. También es muy relevante en ciencias sociales y en humanidades.