Cuando el arquitecto Juan Cuenca ganó en el 2002 el concurso de ideas convocado por la Junta con su trabajo Transformaciones , sabía que lo que tenía entre manos era una auténtica metamorfosis del corazón del conjunto histórico, al que debía devolverle la unidad que perdió cuando la antigua carretera Nacional IV lo partió en dos, así como la función que siempre tuvo ese espacio, ser la puerta de entrada. En el año 2004 comenzó el primer proyecto, el de urbanización del entorno de La Calahorra, en el que la Junta invirtió 1,8 millones de euros. La torre recuperaba su alzada original y de sus entrañas salía una pasarela que acercaba al visitante hasta el río. Un año después, comenzaba la restauración de la Puerta del Puente, eliminando de su cuerpo las huellas del tiempo y poniendo en valor su mirador. Este proyecto fue el más barato de todos, 1,1 millones de euros.

En el 2005, el Ayuntamiento cortó el tráfico del Puente Romano, que se cubrió de andamios. Empezaban los dos proyectos más polémicos, la restauración y consolidación del puente, que en el 2008 lucía su nueva imagen tras una inversión de 13,7 millones. Su pasarela, pavimentada con granito rosa, se había convertido en un espacio peatonal. El puente, más concurrido que nunca, volvía a ser el nexo de unión entre ambas orillas.

En el 2007 se inició la restauración de La Calahorra, que costó 2,6 millones. Gracias a esta intervención, la fachada de la torre muestra sus distintas etapas históricas. En el 2007 le tocó el turno al centro de visitantes, una caja de sorpresas en cuanto a restos arqueológicos. La obra, casi acabada desde el 2011, se ha alargado por cuestiones de accesibilidad. Por último, en otoño del 2008, empezó la urbanización de la Ribera. Ha sido la obra más compleja por la introducción de un colector. Ambos han necesitado modificaciones y se han encarecido. El centro costó 6,7 millones y la Ribera, 7,1. Esta última ha sido la intervención más significativa, ya que recupera la rasante que tenía la Ribera en el siglo XVI y la Puerta del Puente pierde el foso que la aprisionaba.