Después de 19 años como presidente de la Junta de Andalucía, en el año 2009 Manuel Chaves fue nombrado vicepresidente tercero del Gobierno y ministro de Política Territorial. Con ese cargo, adquiría la responsabilidad del diálogo con las comunidades autónomas y la dirección de la negociación de la financiación autonómica. Terminaba así un largo periodo de gobierno donde había afrontado y ganado seis elecciones consecutivas, tres de ellas por mayoría absoluta. Pocos días después de su marcha, José Antonio Griñán, consejero de Hacienda, sustituyó a Chaves en la Presidencia de la Junta, a la que sigue aspirando.