El juez de la Audiencia Nacional Baltasar Garzón ha encausado por integración en ETA a las ex parlamentarias Karmele Berasetegui y Nekane Erauskin; al presidente del partido ilegalizado, Juan Carlos Ramos; y a sus dos tesoreros, Jesús María Aguirre y Sonia Jacinto. En el auto destaca que Batasuna "consiguió, sobre todo a través de EHAK, disponer de 837.00 euros, con los que sostener el entramado político" de la banda terrorista.

El magistrado indica en el auto, además, que el Partido Comunista de las Tierras Vascas (PCTV), ilegalizado en septiembre del 2008 por suceder a Batasuna, fue instrumentalizado por los miembros de la Mesa Nacional "para continuar con la acción delictiva diseñada por ETA/EKIN/Batasuna", entramado al que el PCTV mantenía a través de "fondos de las cuentas del grupo parlamentario", integrado por Berasategui y Erauskin.

De hecho, Garzón apunta en el auto judicial a que los responsables del partido "se aliaron" con Segi y Askatasuna y el Movimiento Pro Amnistía para participar en la campaña en contra del Tren de Alta Velocidad (TAV), "complementando las acciones de violencia contra los bienes y los atentados contra la vida desplegados por ETA", como el que se cobró la vida del empresario Ignacio Uria.

El auto añadía que los responsables de dicha formación "habrían autorizado, diseñado y dirigido o participado en las operaciones" a través de las cuales se permitió financiar a ETA.

La condición de aforadas de Nekane Erauskin y Karmele Berasategi hizo que el Tribunal Superior de Justicia del País Vasco se hiciera cargo de esta causa hasta que ambas perdieron su aforamiento tras las elecciones del pasado 1 de marzo, momento en el que Garzón volvía a ser el competente para instruir estos hechos.