El italiano Valentino Rossi (Yamaha YZR M 1) sumó su novena victoria del año al vencer en el Gran Premio de Malasia de MotoGP que se disputó en el circuito de Sepang y en el que Daniel Pedrosa (Honda RC 212 V) acabó en el podio al ocupar la segunda plaza. Autor del mejor tiempo de entrenamientos, Daniel Pedrosa fue también el más rápido en la salida, en las que es un auténtico especialista, pero tras su estela tardó muy poco en colocarse Valentino Rossi (Yamaha YZR M 1), quien antes tuvo algunos momentos de tensión con su compatriota Andrea Dovizioso (Honda RC 212 V), quien le adelantó en la frenada de final de recta.

Con un ritmo trepidante en los primeros giros, tanto Pedrosa como Rossi no tardaron demasiado en abrir un hueco respecto a sus perseguidores, entre los que pronto quedó fuera de carrera el británico James Toseland (Yamaha YZR M 1), que se cayó en el tercer giro sin opciones de continuar. Por esos instantes se anunciaba también que el español Toni Elías (Ducati Desmosedici) se había adelantado al momento de la salida, razón por la cual era penalizado con un "Ride Trough".

Elías, último tiempo de entrenamientos, había conseguido avanzar en apenas dos vueltas hasta la decimotercera posición, pero la penalización le relegó a la decimoctava plaza, desde donde comenzó a remontar para conseguir acabar la carrera en los puntos, pues obtuvo el decimoquinto puesto de la clasificación. Pedrosa tiró con fuerza señalizado desde la línea del muro por sus mecánicos de que llevaba pegado a Rossi, quien después de controlar la situación y estudiar a su rival decidió pasar a la acción en el undécimo giro, pasado el ecuador de la prueba. Rossi no tuvo demasiados problemas para superar al piloto español, que intentó mantenerse tras la estela del ocho veces campeón mundial italiano pero no pudo.

Apenas una vuelta después de que Rossi se pusiese al comando de la competición, se produjo otra de las retiradas notables, la del español Jorge Lorenzo (Yamaha YZR M 1), quien marchaba en el grupo perseguidor en sexta posición pero perdió adherencia en el tren delantero de su moto y acabó por los suelos. En el grupo de Jorge Lorenzo, cuando se cayó, iban por entonces tanto Andrea Dovizioso (Honda RC 212 V) como Nicky Hayden (Honda RC 212 V), además del campeón mundial Casey Stoner (Ducati Desmosedici), Shinya Nakano (Honda RC 212 V), Colin Edwards (Yamaha YZR M 1) y Loris Capirossi (Suzuki GSV RR).

Lorenzo consiguió regresar a la pista en decimosexta posición, pero su moto no se encontraba en las mejores condiciones para continuar y se vio forzado a tomar el camino de los boxes. En tanto, Rossi ya había abierto una brecha de casi dos segundos respecto a Pedrosa, que acabó siendo de algo más de cuatro cuando la bandera de cuadros detuvo la competición, en la que los comisarios de pista tuvieron que enseñar la bandera blanca de que comenzaba a llover en algunas zonas en el decimoquinto giro.

Ese hecho pudo haber representado un cambio radical de los acontecimientos, pero la lluvia aguantó las seis vueltas que faltaban por disputarse y ningún piloto entró en sus talleres a cambiar de moto, por lo que era ya muy difícil que se produjesen nuevas variaciones, como así fue. Vencedor Rossi con Pedrosa a poco más de cuatro segundos, la tercera posición acabó siendo cosa del también italiano Andrea Dovizioso y el estadounidense Nicky Hayden, ambos sobre motos Honda RC 212 V, si bien el joven transalpino no se dejó sorprender por el campeón mundial de 2006 y acabó consiguiendo su primer podio de la temporada en MotoGP. Elías, logró centrarse en mantener un ritmo estable y sin grandes remontadas cuando menos consiguió ascender a la decimoquinta posición, que le permitió sumar un punto más en su cuenta particular, por delante del italiano Marco Melandri (Ducati Desmosedici) y el japonés Nobuatsu Aoki (Suzuki GSV RR).