Tras una larga lucha por el dominio de la Cueva de los Murciélagos y porque se abriera al público, la Corporación municipal de Zuheros, presidida por Jesús Poyato, consiguió tanto su titularidad como que el día 21 de marzo de 1991 fuese inaugurada oficialmente por el entonces Gobernador Civil de Córdoba, Gregorio López. También asistieron el delegado de Educación, José Valdivia, y el de Cultura, Diego Ruiz, siendo posible esta apertura gracias a los estudios e intervenciones del espeleológo, José Antonio Mora, y la arqueóloga, Beatriz Gavilán. Todo esto quedó patente en la edición de Diario CORDOBA del viernes 22 de marzo de aquel año. Desde su apertura al público la Cueva de los Murciélagos de Zuheros ha recibido un promedio de 17.000 visitas anuales, por lo que más de 350.000 personas han conocido esta localidad y su Monumento Natural.

A cuatro kilómetros del centro de Zuheros se encuentra la Cueva de los Murciélagos, habitada desde el Paleolítico medio hasta época romana, con sus casi 1.000 metros de altura y un recorrido de dos kilómetros, es una de las cuevas más grandes de Córdoba y una de las formaciones más hermosas del Parque Natural Sierras Subbéticas. La génesis de la cueva se asocia a una gran fisura y desplome de bloques de roca. Aquí el agua al discurrir por materiales calizos origina pequeños lagos y espectaculares formaciones kársticas, destacando la sala de las formaciones, con una gran estalactita, denominada popularmente espárrago, y la sala del órgano, con una pared repleta de bellas y complicadas figuras rocosas. En las salas más profundas aún habitan diversas clases de murciélagos que dieron nombre a esta cavidad.

Esta cueva constituye para Andalucía un yacimiento Neolítico importantísimo y el primero con arte del Paleolítico superior, lo que propicio su declaración como Bien de Interés Cultural. La visita, que recorre parcialmente la cueva, discurre por varias salas y corredores con pinturas representativas de caballos, osos y ciervas del paleolítico, hasta hombres y cabras esquemáticas del neolítico. También se encontraron otros vestigios como útiles, huesos y cerámica de almagra, denominada así por la pigmentación roja del almagro, lo que se puede contemplar en el Museo Arqueológico de Zuheros, junto al Castillo. El día 23 de noviembre de 2001, las 32 hectáreas que ocupan la cueva fueron declaradas monumento natural por la Junta de Andalucía. Por su parte, la actual Corporación municipal, presidida por Jesús de Prado, lleva directamente su gestión desde la oficina en el Museo Arqueológico, contando con cuatro trabajadores-guías. Se está llevando a cabo los trámites para la instalación de iluminación mediante lámparas de led, lo que permite el respeto a las condiciones climáticas de la gruta. Para preservarla se han bajado de 40 a 30 el número de visitantes por turnos.