En los últimos tiempos Córdoba ha asistido a diferentes momentos de controversia entre IU y la Iglesia católica, relacionados, principalmente, con las inmatriculaciones de bienes realizadas por parte de esta última, aunque también con otros aspectos. Una de las discrepancias más visibles tuvo lugar cuando a finales del año 2014 los guardias de seguridad de la Mezquita Catedral intentaron desalojar del Patio de los Naranjos (que es un jardín público) a los máximos dirigentes de IU a nivel nacional y regional, Cayo Lara y Antonio Maíllo, respectivamente. En esta ocasión, se trataba de una rueda de prensa en la que la coalición manifestó su rechazo a las inmatriculaciones realizadas por la Iglesia.
En los primeros días del pasado febrero, IU ha exigido "que se devuelva todo el patrimonio que se ha usurpado con las inmatriculaciones" y ha criticado que la UE "se desentienda" de esta situación, que también ha movilizado a la ciudadanía en otras comunidades autónomas. El tema ha sido tratado por otros partidos y la alcaldesa de Córdoba, Isabel Ambrosio (PSOE), ha explicado recientemente que el Ayuntamiento de la ciudad está identificando los bienes en los que existen dudas sobre su titularidad, sobre todo los que habían sido de propiedad pública y han sido registrados por la Iglesia. Además de esto, Pedro García ha anunciado en los últimos días la voluntad de replantear la forma en la que se cuenta la historia de la Mezquita Catedral en la visita nocturna al edificio.
