En la actualidad Aprosub cuenta con dos acreditaciones en calidad. Una es el reconocimiento del cumplimiento en calidad de la Consejería de Salud y Bienestar Social de la Junta de Andalucía y la otra la Acreditación de Calidad Feaps (etapa despliegue). Además, en estos momentos están preparando la memoria para el reconocimiento en EFQM. Por otro lado, poseen distintos reconocimientos por su labor educativa y social.