El primer inventario de refugios de murciélagos cavernícolas realizado en la provincia ha venido a confirmar la riqueza que se presuponía en algunas zonas. Córdoba se sitúa entre las provincias andaluzas que conserva en mejor estado las colonias de murciélagos detectadas, a pesar de que la densidad (3,2 colonias por cada mil kilómetros cuadrados) no sea de las más elevadas de la comunidad. El trabajo de la Consejería de Medio Ambiente ha analizado los refugios de interés de murciélagos en Córdoba y Jaén, constatando la existencia de 44 y 53 colonias, respectivamente, aunque, como señala el estudio, Córdoba se distingue por presentar colonias con un mayor número de ejemplares. No obstante, este valor faunístico sigue presentando una gran vulnerabilidad, ya que la mayoría de las cuevas, el principal lugar escogido por este mamífero volador para refugiarse, están sometidas a la presión del hombre al no existir ningún tipo de protección en la mayoría de las censadas. Aunque el marco legal de protección es amplio cuando se localizan en parques naturales, el acceso a estas cavidades es sencillo en muchas ocasiones.

Si se analizan las zonas estudiadas en las dos provincias, las mayores densidades de colonias se localizan en Sierra Morena (46) y en las Béticas (43), mientras que en el batolito de Pedroches-Andújar sólo hay dos y en la Campiña se han detectado seis.

Como era de esperar, el estudio ha confirmado también que gran parte de los refugios se han localizado en cuevas (el 39%), minas (18,5%) y túneles (18,5%), aunque también destacan las colonias que eligen edificios (15,5%), presas (5,1%) y viviendas (1%). Los investigadores han descubierto la existencia de 13 especies carvenícolas, destacando el caso del murciélago de cueva, pues Córdoba acumula el 41% de la población total de Andalucía.

Precisamente, el espeleólogo cordobés y autor del primer inventario de cuevas de la provincia, José Antonio Mora, ha destacado a este periódico que existen cavidades de gran importancia en la provincia por la presencia de murciélagos. Junto a la Cueva de los Murciélagos (Zuheros), reconocida como Monumento Natural por la Junta de Andalucía, destacan otras como La Murcielaguina y Los Mármoles, ambas en Priego, o Centenillos (Zuheros). No obstante, el investigador cordobés ha señalado que la Cueva del Yeso (Baena) puede situarse entre las que presentan una colonia más numerosa de Andalucía, ya que considera que la población se puede situar entre los 12.000 y los 14.000 ejemplares de quirópteros.