La jueza Mercedes Alaya ha reprochado a la Junta de Andalucía que en su actuación como acusación particular en el caso de los cursos de formación mantiene una actitud "impropia" y con una "unidad de intereses" respecto a las iniciativas emprendidas por el PSOE contra ella. Así lo afirma la jueza en un auto en el que desestima el incidente de nulidad interpuesto por la Junta y por el abogado del exconsejero Angel Ojeda. La jueza afirma que la Junta, como acusación particular, debe pretender la investigación de los delitos en los que se haya producido un menoscabo de fondos públicos.
Sin embargo, critica que en este caso actúa como la defensa de uno de los imputados "y además coincide con la denuncia que el PSOE, que no es parte en esta causa", interpuso contra ella ante el Consejo General del Poder Judicial, que archivó la queja. Esa actuación, según Alaya, "evidenciaría un principio de unidad de intereses contrario a la condición de parte acusadora de la Junta de Andalucía y un inexplicable interés en que los hechos sean investigados en otro juzgado".
