El antiguo convento de Santa Clara puede explicar una buena parte de la historia de Córdoba a través de sus paredes y de los elementos que lo conforman. De este modo, los expertos barajan que la primera fase de esta construcción se correspondió con una basílica paleocristiana del siglo VI o quizá pudo tener una función doméstica. A finales del siglo X acogió una mezquita y también se han detectado estructuras de un edificio islámico previo a este templo. El episodio que lo acercaría a la actualidad fue la conquista cristiana de la ciudad (1236), con la que se hicieron reformas para transformar la mezquita en parroquia de Santa Catalina.

En esta línea, la información facilitada por el Ayuntamiento de Córdoba apunta que algunas décadas más tarde el arcediano Miguel Díaz compró al infante Don Luis (hermano de Alfonso X El Sabio) unas casas para convertirlas en convento de la orden de monjas menores de Santa Clara y Santa Isabel. Este monasterio estuvo dotado, además, con baños y un corral a los que se sumó la citada iglesia. Después de esto, el templo experimentó nuevas modificaciones, en las que se incluyó el estilo barroco, y tras la desamortización vivió una etapa breve como cuartel militar. Superada esta fase, volvería a ser convento hasta mediados del siglo XX. Según recoge una investigación realizada por la arquitecta María Teresa Pérez Cano y enmarcada en el proyecto de restauración impulsado por el Consistorio y Caja Madrid (en el 2005), en aquel momento la ciudad compró el edificio para impulsar una escuela.

En las últimas décadas, esta construcción ha vivido distintos avatares entre los que se encuentra el intento del ex alcalde Julio Anguita, en 1980, de ceder el templo a la Asociación Musulmana para que restableciese el culto islámico. La entrega de llaves a Al Kattani (que se presentó como consejero real saudí) fue recordada por el periodista Francisco Solano Márquez en un artículo de opinión publicado en este periódico. En el texto, alude a la "guerra de religión" surgida entre el obispo Infantes Florido y el regidor, y la crisis municipal que se produjo después de que UCD abandonara el gobierno de concentración. Al ser preguntado por la nueva intervención, Francisco Solano Márquez afirmó ayer, entre otras consideraciones, que "lo ideal hubiera sido continuar el proyecto para instalar el museo de la ciudad y la oficina del casco histórico".