El bosque cubría completamente hace muchos años las laderas de estos montes, tanto era así que a la zona de Carcabuey se la conocía como ‘La Selva Oscura’. Entonces empezó a llegar gente de la parte de Castilla y León, al amparo de los grandes señores feudales a los que se adjudicaron grandes propiedades, y se fueron abriendo sendas y, poco a poco, se fue poblando el territorio. Esto debió ocurrir poco después de expulsar a los moros de estas tierras salvajes y deshabitadas. Así por ejemplo, Alfonso XI hablaba de numerosos cazaderos de osos y jabalíes en la zona a mediados del siglo XIV, lo que nos da idea de que un paisaje boscoso debía dominar estas tierras de frontera. El rey cazador cita, entre otros topónimos, los siguientes: «ladera en par de Carcabuey», «entre Carcabuey y Rute», «hortezuelo de Carcabuey», «armajal de Carcabuey» y «El Palancar».

Los nuevos habitantes se emplearon a fondo en brozar el monte y limpiarlo de árboles, para sacarlo de terreno nuevo y meterlo en labor; y así fue cambiando poco a poco el paisaje, hasta llegar a las laderas cuadriculadas de olivos que hoy conocemos. Afortunadamente, en las cumbres de las numerosas sierras que rodean este bello pueblo de la Subbética encontramos aún manchas de vegetación milagrosamente bien conservadas, que constituyen el último refugio de una fauna muy amenazada y de una peculiar flora que acoge numerosas especies endémicas. El bosque mediterráneo muestra en estos lugares una belleza especial, sobre todo cuando, al inicio de la primavera, las encinas, quejigos, cornicabras, majoletos e hiniestas se entremezclan con las llamativas peonías. En los montes de Palojo y Santa Rita, así como en las estribaciones de las sierras de Jaula o de los Pollos, de Gallinera y de Puerto Escaño, allí donde los olivares dejan de sustraer metros al monte, es posible encontrar esta delicada y efímera flor, que adorna los encinares de llamativos puntos de color rojo. La fauna es rica y variada, y en los cielos de Carcabuey es posible observar numerosas aves, y en especial rapaces, como buitres leonados, halcones peregrinos, águilas reales y perdiceras.

No es de extrañar, por tanto, que Carcabuey sea el municipio cordobés con más terreno protegido, porque de las 8.078 hectáreas de superficie del término municipal, 7.071 están dentro del Parque Natural de las Sierras Subbéticas, lo que supone un 87,53% de su territorio.

Numerosas razones hacen del término municipal de Carcabuey el centro neurálgico del parque natural de las Sierras Subbéticas, pero quizás sea la principal su privilegiada situación geográfica. Pocos lugares pueden presumir de encontrase en el centro de un macizo calizo de la importancia de éste. Aunque con menos altitud que las tierras que le circundan, resguardan y aíslan, este deprimido pasillo de materiales calizos anárquicamente levantados en el Terciario constituye, por su relieve áspero, montañoso y accidentado, un ejemplo representativo del Subbético cordobés. Las elevadas cumbres de Lobatejo (1.380 metros), Gallinera (1.095) y Pollos (1.096) son compartidas por municipios cercanos; y en el corazón de su territorio se alzan cerros de Palojo (995 metros), Puerto Escaño (1.093) y La Luca (999), acompañados al norte por la sierra de Pelpitre (1.176). Estas sierras, ostentosas desde el fondo de sus encajados valles, descansan sobre erguidas pendientes, dando lugar a un tortuoso camino que se transforma en bello paisaje al ser decorado por el verde ceniciento de los olivares, las blancas calizas de las cumbres, el oscuro matorral de las laderas más empinadas, y los floreados membrillos de los valles.

Al igual que en todo el Subbético cordobés, las sierras de Carcabuey son proclives al alumbramiento de caudalosas fuentes, que durante todo el año aportan agua fresca a los arroyos y sustentan feraces huertas. 37 fuentes aparecen descritas en el inventario de fuentes y manantiales de Andalucía, elaborado por la Junta de Andalucía y la Universidad de Granada. Estas sierras se configuran como un importante punto de dispersión hidrográfica.