El Palacio de los Duques de Medinaceli está incluido en el entorno de protección del convento de Santa Clara. Sin embargo, su estado de conservación es desigual, tal y como constataba una resolución del Ayuntamiento de Montilla dictada en julio del año 2012, que indicaba que la parte del palacio más próxima al convento --propiedad de otra familia montillana-- "se encuentra en unas condiciones de uso y conservación más que aceptables".
"Esta notoria diferencia entre el estado de una y otra finca, tratándose de dos partes de un mismo edificio original, evidencia precisamente algunas de las causas que han influido en la situación de deterioro" de la otra parte del palacio, según los servicios técnicos municipales, que aclararon que los mayores daños que presenta el edificio son consecuencia directa de la demolición de una antigua bodega de tinajas, que obligó incluso a desmontar la cubierta de una de las naves con el fin de extraer las tinajas de vino.
Los vecinos que residen junto al emblemático edificio denuncian que desde hace varios años "se encuentra en un estado de conservación lamentable" y sus propietarios "poco o nada hacen para remediarlo", ya que el mismo se encuentra "devastado y lleno de maleza".
A juicio de los vecinos, las causas que han provocado el deterioro del Palacio Ducal de Medinaceli se encuentran en las "desafortunadas actuaciones, dejadez, abandono, desuso y mala conservación de los propietarios pasados y presentes".
