El auto dictado por el juez de Instrucción número 4 señala que el relato de lo ocurrido se deduce de las declaraciones de los vigilantes y de los imputados que, afirma, reconocieron parcialmente los hechos. Pero además, a la hora de dar luz a lo sucedido, resalta "la contundencia de las imágenes" recogidas por las cámaras de seguridad y aportadas por el Cabildo Catedralicio.

Así, el auto describe que liderado por uno de los encartados, un grupo de 118 personas de religión musulmana, procedentes de Austria, ideó la "estrategia" de entrar en la Mezquita-Catedral "con intención de organizar un rezo conforme al rito islámico", aun "a sabiendas" de que estaba prohibido. Con tal finalidad, sobre las 17.30 horas del miércoles 31 de marzo entraron en pequeños grupos que se interconectaban bien visualmente, bien con el uso de walkie-talkies.

Unos diez minutos después se agruparon, comenzando a rezar en grupo mientras otros cinco de los imputados permanecían de pie junto al líder para garantizar su seguridad. Entonces, al acercarse un vigilante para pedir que depusieran su actitud, varios de ellos parapetaron al líder y éste, aprovechando que lo sujetaban, le dio un puñetazo antes de salir huyendo. Ya retenido, otro encartado se acercó al vigilante con una navaja y le lanzó una cuchillada que le hirió en una mano. Un compañero de seguridad también tuvo que esgrimir su defensa, que intentaron arrebatarle en un forcejeo. Al llegar la Policía Nacional, otro miembro del grupo blandió una muleta contra un agente.