El 3 de diciembre de 1984 se produjo la fusión entre el hospital Reina Sofía y el hospital General, hasta entonces en manos de la Diputación de Córdoba, dando lugar a un complejo asistencial único en la ciudad. El proceso de fusión se hizo de manera progresiva y, gracias a él, el hospital General pasó a depender de la red sanitaria de la Junta de Andalucía. La Diputación, por su parte, se comprometió a instalar un escáner y servicios de Radioterapia, y la Consejería de Salud y Consumo a ir aumentando su participación en los gastos del complejo hasta asumirla de manera definitiva. Cinco instituciones hicieron posible esa nueva realidad sanitaria: el Ministerio de Educación y Ciencia, la secretaría de estado para Universidades, la Consejería de Salud y Consumo de la Junta de Andalucía, la Diputación de Córdoba y la Universidad de Córdoba. Los que eran representantes de dichas instituciones aquel año expresaron su satisfacción por el proceso, que creían iba a «rentabilizar recursos para dar servicios a la sociedad» e interrelacionaba la investigación con la asistencia sanitaria y su reforma.
Los dos centros hospitalarios adquirieron entonces el rango de «universitarios», de modo que en sus instalaciones empezarían a formarse los alumnos de la Facultad de Medicina. Por otra parte, pudieron ser los profesores de esos futuros médicos tanto los facultativos vinculados contractualmente a la Facultad y funcionarios de la misma, como los profesores de Medicina no relacionados directamente con actividades asistenciales. Estos últimos, además, pudieron desde entonces utilizar los centros hospitalarios para sus fines docentes y de investigación. Asimismo, los profesores de materias asistenciales que no trabajaban en ningún hospital público de Córdoba pudieron ser contratados por la Consejería de Salud y Consumo, que pretendía conseguir así que los estudiantes convirtieran su aprendizaje en un proceso activo. El Ministerio de Educación y Ciencia financió con 500 millones de pesetas las obras de adaptación del hospital Provincial para su integración con el Reina Sofía.
